医院污水处理设备设计工艺一般分为三级，不同的医院根据国家要求采用不同等级：一级为隔渣、调节；二级为生化降解，三级为接触消毒、过滤。医院废水一级处理主要通过格栅将污水中的动植物油和固体垃圾去除，通过调节池调节水量、调整水质；二级生化降解主要是A/O生物降解处理工艺，通过接触反应，可以将污水中的农业生产体系污染物指标有效的降低到排放标准；
三级处理是对医院污水中的大量细菌进行有效灭菌处理，通过控制接触消毒时间和投加药剂方式，将细菌数量长期控制在较低的水平，使过滤系统的出水保证达到水质要求。
医药废水处理设备采用的膜技术既以利用废水中的有价资源为目的，又在一定程度上推进了废水处理的深度，具有重大的环境效益和经济效益。与传统水处理技术相比，膜技术具有节能、投资少、操作简便、处理效率高等优点。
根据制药废水的水质特点，在其处理过程中需要采用物化处理作为生化处理的预处理或后处理工序。目前应用的物化处理方法主要包括混凝、气浮、吸附、氨吹脱、电解、离子交换和膜分离法等。
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